
Действие второй части Prototype происходит через год после событий первой части. Город, в котором происходят действия игры по-прежнему страдает от эпидемии опасного вируса, который делает из людей ужасных мутантов. Алекс, который является главным героем, приобрёл от этого вируса невероятные способности. Он так же несёт в себе угрозу безопасности жителей, поэтому вынужден скрываться от полицейского отряда, который наводит порядок в Нью-Йорке.